โรงเรียนอนุบาล 3 ภาษาบ้านต้นไม้เดิมชื่ออนุบาลประนันทนิจ เปิดดำเนินการมาแล้วเป็นเวลา 42 ปี โดยย้อนไปเมื่อปี พ.ศ. 2525
ผศ.ดร.ประชุมพร สุวรรณตรา อดีตอาจารย์ใหญ่โรงเรียนสาธิตแห่ง มหาวิทยาลัยขอนแก่น และอาจารย์สาธิตจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ได้ลาออกจากราชการเพื่อเลี้ยงลูกสาววัย 3 ขวบ และลูกชายวัย 2 ขวบ โดยจัดตั้งขึ้นที่บ้านส่วนตัว เป็นเนอสเซอรี่ และได้ตั้งชื่อว่า ประนันทนิจ เนอสเซอรี่ ซึ่งเป็นชื่อจริงของลูกสาว โดยมีความหมายว่า
ประ : สม่ำเสมอ นันท : ความสุข นิจ : นิรันดร 
ความหมายรวมคือ ความสุขที่เกิดขึ้นตั้งแต่เริ่มแรกจนชั่วนิรันดร
เมื่อเริ่มดำเนินการวันแรก มีลูกๆ ของเพื่อนอีก 7 คนมาเริ่มต้นการเรียนรู้อย่างสนุกสนานด้วยกัน หลังจากนั้น มีนักเรียนมาเพิ่มมากขึ้น จนพัฒนาเป็นโรงเรียนอนุบาลประนันทนิจ และในปัจจุบันคือ โรงเรียนอนุบาลสามภาษาบ้านต้นไม้ โดยยึดหลักการในการจัดกิจกรรมเพื่อให้เกิดทักษะในการสังเกต คิด วิเคราะห์ และพัฒนาความคิดสร้างสรรค์ ซึ่งเป็นผลงานสำคัญจากการวิจัยในระดับปริญญาเอก ส่งเสริมให้เด็ก มีการเรียนรู้ผ่านประสบการณ์ตรงอย่างดีที่สุด (การวิจัยโปรแกรมการสอนเพื่อพัฒนาความคิดสร้างสรรค์ในวัยอนุบาล ปริญญานิพนธ์ คณะศึกษาศาสตร์ มหาวิทยาลัย Illinois State University, U.S.A ของ ผศ.ดร.ประชุมพร สุวรรณตรา)